La principal diferencia entre los balnearios es el agua minero-medicinal que poseen, ya que de ella dependerá los tratamientos que pueden ofrecer. Pero la calidad de la instalación también depende de la limpieza de las instalaciones, el servicio médico (atención, control, tratamientos…), el trato personal de los empleados… Todo esto logrará diferenciar la calidad de los balnearios.
Desde 1928, existe un Real Decreto que regula la explotación de manantiales y aguas minero-medicinales. Muchos de los artículos continúan en vigor, sin renovarse, salvo en las comunidades autónomas que lo han legislado. Estas son: Cantabria, Castilla-La Mancha, Extremadura, Murcia, Cataluña y Galicia, aunque sólo las dos últimas han creado normas para el control semestral o anual de las características físico-químicas y microbiológicas de las aguas.
Son los propios balnearios los que realizan los controles sanitarios de sus instalaciones, ya que la Administración realiza a lo sumo uno o dos al año. Este autocontrol por parte de los balnearios, se debe a que son los responsables de la calidad de sus instalaciones, y deben evitar y controlar cualquier contaminación. Pero ello crea una situación en la que no existe homogeneidad en los controles realizados por los balnearios (punto de muestreo, periodicidad…) para detectar posibles contaminaciones o cambios en las propiedades de las aguas minero-medicinales. Es decir, algunas instalaciones aseguran realizar controles semanales o quincenales mientras que otras los realizan cada de manera semestral o anual. Lo que es seguro es que todas cumplen las normas de calidad higiénico-sanitaria que Sanidad obliga a tener. Para ello el Instituto de Calidad Turística Española (ICTE) a petición de la Asociación Nacional de Balnearios ha creado la marca Q, diferenciando la calidad de los balnearios españoles.
La legionella es uno de los principales problemas de lugares que poseen torres de refrigeración, instalaciones termales y condensadores evaporativos. El Real Decreto 909/2001 establece criterios higiénico-sanitarios para que la legionella no aparezca. Los balnearios deben cumplirlo, adecuando sus instalaciones a la norma, y llevando un registro de las operaciones de mantenimiento.